Studenci aktywnie działają w Samorządzie Studenckim, który za główne cele swojej działalności przyjmuje ochronę ich praw, godności i interesów, inicjowanie życia kulturalno-rozrywkowego oraz sprawy socjalno-bytowe.
Wszyscy studenci, którzy chcą poszerzać swoją wiedzę, ale także brać udział w różnego rodzaju badaniach, mogą zapisać się do kół naukowych działających na poszczególnych wydziałach. Obecnie na UMK działa około 100 kół naukowych, z czego ponad 40 w Collegium Medicum w Bydgoszczy.