Na UMK prężnie działają różnego rodzaju programy stypendialne, m.in. "Erasmus" (daje studentom możliwość nauki za granicą) oraz "Most" (kontynuowanie nauki w innych uczelniach polskich).
Uniwersytet posiada nowoczesną bazę badawczą.
Do dyspozycji astronomów jest 32-metrowy radioteleskop w Toruniu (trzeci pod względem wielkości w Europie) oraz teleskop SALT - największy na półkuli południowej teleskop optyczny, znajdujący się w Republice Południowej Afryki. Potwierdzeniem wysokiej rangi naukowej Uczelni było utworzenie w jej strukturze w 2001 r. Krajowego Laboratorium Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej (FAMO), umożliwiającego polskim fizykom prowadzenie badań na światowym poziomie. UMK ma własną stację naukową na Spitsbergenie, jest także organizatorem Polskiej Misji Historycznej na uniwersytecie w Würzburgu.
W 2012 r. zakończy się budowa Interdyscyplinarnego Centrum Nowoczesnych Technologii i rozbudowa Akademickiego Centrum Kultury i Sztuki "Od Nowa". W 2013 r. oddane zostanie
do użytku Uniwersyteckie Centrum Sportowe.
Uniwersytet prowadzi, unikalny w skali kraju, Zespół Szkół UMK Gimnazjum i Liceum Akademickie, który kształci wybitnie uzdolnioną młodzież z całej Polski. Liceum uznano w 2011 i 2012 r. za najlepsze w Polsce. W murach Uczelni odbywają się kilkutygodniowe lub całoroczne kursy języka i kultury polskiej dla obcokrajowców. Poza tym UMK wraz z Urzędem Miasta Torunia i Towarzystwem Naukowym w Toruniu organizuje imprezę popularnonaukową pod nazwą Toruński Festiwal Nauki i Sztuki. W 2013 r. odbędzie się już 13 edycja Festiwalu.
Specjalną ofertę dla absolwentów Uczelni opracował Program "Absolwent UMK", który funkcjonuje od 2001 r. i był pierwszą tego rodzaju inicjatywą w Polsce. Posiadaczy bezpłatnej Karty Absolwenta UMK, która zapewnia liczne przywileje, jest już ponad 18 tysięcy.
Jednym z ważniejszych wydarzeń w dziejach Uczelni była wizyta papieża Jana Pawła II, który 7 czerwca 1999 r. spotkał się w Auli UMK z rektorami wszystkich polskich szkół wyższych oraz innymi reprezentantami świata nauki polskiej. Nawiązując do tego wydarzenia 23 listopada 2004 r. Senat UMK wręczył Papieżowi tytuł doktora honoris causa UMK.
