Struktura Strategii Rozwoju Miasta Torunia zawiera 4 cele strategiczne, które ujmują wszystkie dziedziny życia: społeczeństwo, gospodarkę, oświatę, kulturę oraz turystykę. Cele strategiczne, ze względu na swój kompleksowy charakter, zostały podzielone na określone cele operacyjne. Ponadto każdy cel operacyjny został dodatkowo scharakteryzowany pod względem spodziewanych rezultatów, głównych partnerów oraz priorytetowych instrumentów realizacji celu.