Od 1 lipca 2013 r. działa nowy system gospodarowania odpadami komunalnymi. Obowiązek ich odbioru i zagospodarowania przejęły gminy. W Toruniu system odbioru obejmuje nieruchomości zamieszkałe. Opłata za wywóz odpadów naliczana jest od gospodarstwa domowego i liczby zamieszkujących je mieszkańców. Została zróżnicowana opłata dla zabudowy jednorodzinnej i wielorodzinnej. Pojemniki i worki do gromadzenia odpadów zapewnia miasto, a zbiórka selektywna jest tańsza.
Przygotowując ramy prawne funkcjonowania nowego systemu odbierania odpadów komunalnych Rada Miasta Torunia podjęła m.in. uchwałę w sprawie wyboru metody ustalenia opłaty za gospodarowanie odpadami komunalnymi oraz ustalenia stawki tej opłaty. Podczas sesji w dniu 20 marca 2014 r. Rada podjęła nową uchwałę zmieniającą jej treść w zakresie nowych stawek opłat.
Odbiorem i zagospodarowaniem odpadów zajmuje się Miejskie Przedsiębiorstwo Oczyszczania. Wynagrodzenie spółki w okresie od 1 lipca 2013 r. do 31 grudnia 2015 r. (według pierwotnej umowy) wynosi 57 447 900 zł (22 979 160 zł rocznie). Przeprowadzona analiza ekonomiczna kosztów półrocznego funkcjonowania systemu odbioru i zagospodarowania odpadów w 2013 roku wykazała, iż system się samofinansuje, tzn. że opłaty wnoszone przez właścicieli nieruchomości pokrywają koszty realizacji umowy z MPO. Dlatego miasto podjęło ze spółką negocjacje, w efekcie których mieszkańcom naliczono niższe stawki opłat za wywóz śmieci.
Stawki obniżono:
dla selektywnej zbiórki odpadów w zabudowie jednorodzinnej, od gospodarstwa domowego składającego się z:
1) jednej osoby z wysokości 13,00 zł do 12,00 zł;
2) dwóch osób z wysokości 25,00 zł do 23,00 zł;
3) trzech osób z wysokości 36,00 zł do 33,00 zł;
4) czterech i więcej osób z wysokości 46,00 zł do 42,00 zł;
dla nieselektywnej zbiórki odpadów w zabudowie jednorodzinnej, od gospodarstwa składającego się z:
1) jednej osoby z wysokości 16,25 zł do 15,00 zł;
2) dwóch osób z wysokości 31,25 zł do 29,00 zł;
3) trzech osób z wysokości 45,00 zł do 42,00 zł;
4) czterech i więcej osób z wysokości 57,50 zł do 53,00 zł;
dla selektywnej zbiórki odpadów w zabudowie wielorodzinnej, od gospodarstwa domowego składającego się z:
1) jednej osoby z wysokości 12,00 zł do 11,00 zł;
2) dwóch osób z wysokości 23,00 zł do 21,00 zł;
3) trzech osób z wysokości 33,00 zł do 30,00 zł;
4) czterech i więcej osób z wysokości 42,00 zł do 38,00 zł;
dla nieselektywnej zbiórki odpadów w zabudowie wielorodzinnej, od gospodarstwa domowego składającego się z:
1) jednej osoby z wysokości 15,00 zł do 14,00 zł;
2) dwóch osób z wysokości 28,75 zł do 27,00 zł;
3) trzech osób z wysokości 41,25 zł do 38,00 zł;
4) czterech i więcej osób z wysokości 52,50 zł do 48,00 zł;
Obniżając stawki opłaty zachowano ogólny poziom 25% różnicy w zależności od prowadzenia bądź nie segregacji odpadów.
Niższe opłaty za wywóz odpadów są naliczane od 1 kwietnia 2014 r.
Aby mieszkańcy płacili nie tylko mniej, ale i łatwiej, za wywóz śmieci można płacić kartą. Jest to możliwe, gdyż punkt kasowy w budynku przy ul. Grudziądzkiej 126b oraz Wydział Gospodarki Komunalnej przy ul. Legionów 220 są wyposażone w terminale płatnicze.